Notre plombier résilient nommé Mario a été transporté à travers un portail vers l'île mystérieuse de Yoshi's Island. Maintenant, notre héros devra trouver le chemin du retour. Mario sera visible sur l'écran devant vous, qui, sous votre direction, avancera dans l'emplacement. En cours de route, il collectera des pièces d'or et d'autres objets éparpillés. Sur le chemin, des échecs dans le sol, des obstacles et d'autres dangers l'attendront. Certains d'entre eux, votre héros pourra contourner, à travers d'autres dangers, il peut simplement sauter par-dessus. À la fin de chaque niveau de Yoshi's Island, un portail menant au niveau suivant vous attendra.