Ninja Kyoto ausarta babestutako gaztelua sartu behar da eta lapurtu objektu bat, aldi berean, bere ordena tenplua lapurtu. Joko Ninja Hero jokoan bere abenturak elkartuko zaizkizu. Gaztelura iristeko, gure heroiak zenbait eremu zeharkatu behar ditu, hau da, etsaien soldaduen zaindaria. Gure heroiak etengabe arku, gurutze eta beste armekin etengabe arituko dira. Gure heroia gidatzeko ari zaren hegan objektu guztiak saihestu behar izango da. Modu horretan bakarrik iraun dezake eta bere bidaia amaierako puntura iritsiko da.