Antzinako Japonian gerraren bi garezurren arteko gerra konstantea gertatu zen: samurai eta ninja. Ninja Runner joko Ninjas Aginduaren alde borrokatuko duzu. Zure karaktereak ordenako ordena eskaera bat jaso zuen baso batean ikertzea egiteko, non Samurai bereizketak ezkutatu ahal izan ditzakeen. Zure heroia ausarki murgildu zen basoan, eta bidea jarraitu zuen. Arriskuei eta tranpak askok zain daude bidean. Zure pertsonaia kontrolatzen duzu salto egin eta ez tranpak horiek erori egin beharko du. Etsaiaren soldaduak topatzen badituzu, ezpata baten laguntzarekin suntsitu beharko dituzu. Just biltzeko bere bidean erortzen diren hainbat elementu.