Ninja-k lapitz sakratuak itzuli behar ditu, eta horretarako harrizko tenplu abandonatu batean bakarrik erabaki zuen. Monje bakarra bere atariraino zeharkatzen du, gaizkiaren ondoren behin leku sakratu batean bizitzea. Gerlari batek ez du itxarongo luze itxarongo, indar ilunak azkar agertuko dira mamu ferociousen bidez. Ibiltzeko igeri egiten dute eta hiltzeko ezinezkoa da. Hemen, ezpata, ez nunkak, ez shurikensek lagunduko. Espirituaren alde alde egin dezakezu, hala egingo duzu. Antzinako urrezko txanponak biltzen dira, eta arantza zorrotzen tranpak aldatu egin behar dira. Ninjas-ek hiru bizitza ditu Ninja Hero Runner jokoa kontuan hartuta.