Antzinako Japonian, ninja bezalako gerrak prestatzen zituzten tenplu bereziak zeuden. Joko Ninja Runs 3d joko bat horietako bat joan eta ninja bat hainbat prestakuntza motaren bidez joan laguntzeko. Gaur egun, zure heroiak bereziki eraikitako oztopo-lasterketan zehar beste ninja batzuekin batera egin beharko du eta helmugara iritsiko zara lehenengo. Bere ekintzak kudeatuko dituzu. Oztopo askoren gainetik salto egin behar duzu, hainbat oztopo igo eta zure ninja lehiaketa lortzen lagunduko duten ekintza ugari burutu behar dituzu.