Ninja Run joko berrian, ninja ausart batek bere aginduaren buruaren zeregina betetzen lagunduko diozu. Zure heroiak babestutako eremuan barneratu beharko du eta une horretan bertan agertzen diren izar magikoak bildu beharko ditu. Zure heroiak errepidean zehar ibiliko da pixkanaka abiadura irabazten. Izarrak nabaritu bezain laster, saiatu biltzen. Zure bidean hainbat oztopo eta tranpa aurkituko dituzu. Zure heroia kontrolatzen duzu haien gainean salto egin beharko du. Ez baduzu astirik erreakzionatzeko, orduan zure heroia hil egingo da eta maila igarotzea huts egingo duzu.