Sonic Advance 3 jokoaren hirugarren zatian, Sonic ausartari eta bere lagunei Dr. Evil eroaren aurka borrokatzen laguntzen jarraituko duzu. Eroak munstroak haziko dituen hiri oso bat eraiki nahi du. Horretarako, Kaosaren harriak beharko ditu. Sonic-ek aurkitu behar ditu lehenik. Pantailan aurretik zure pertsonaia eta bere laguna izango dira ikusgai. Kontrol-teklak erabiliz, bi heroien ekintzak aldi berean kontrolatuko dituzu. Kokapenean zehar mugiarazi eta dena arretaz ikuskatu beharko dituzu. Bilatu leku guztietan sakabanatuta dauden harriak eta objektuak eta bildu. Bidean zure heroiek salto egin beharko dituzten oztopo eta tranpak topatuko dituzu. Munstroak ezagutuz gero, pertsonaiak haiek saihestu edo suntsitu ahal izango dituzte borrokan sartuz. Aurkariak hiltzeagatik, puntuak emango dizkizute Sonic Advance 3-n.