Japoniako herri txiki bateko biztanleak etengabe zapaltzen ditu bertako aristokratak. Japonian zehar bidaiatzen ari zen samurai batek haiei laguntzea erabaki zuen. Horretarako, aristokrata baten ondarean infiltratu eta suntsitu beharko du. Mini Samurai Kurofune jokoan samuraiari lagunduko diozu abentura honetan. Zure heroiak ninja mertzenarioek zaintzen duten finkan sartu beharko du. Zure pertsonaiari eraso egingo diote. Heroi haien aurka borrokatuko diren ekintzak kontrolatzen dituzu. Ezpata trebeki erabiliz eta eskuz esku borroka teknikak erabiliz, aurkari guztiak suntsitu beharko dituzu. Horretarako Mini Samurai Kurofune jokoan puntuak emango zaizkizu. Etsaia hil ondoren, bildu berarengandik eroriko diren garaikurrak.