Apokalipsia hainbat arrazoirengatik gerta daiteke, Apocalypse Run jokoan makinen altxamenduaren ondorioz agertu zen apokalipsiaren erdian zegoen heroiari lagunduko diozu. Adimen artifiziala, zeinaren itxura hain itxaroten zen eta bere garapen azkarragatik hain miresten zen, erabaki zuen orain ez duela jenderik behar. Gainera, kaltegarriak ere badira, dena gaizki egiten dutelako, askotan irrazionalki jokatzen dutelako, ingurumena suntsitzen dutelako eta berea hiltzen dutelako. Makinaren buruan uste sendoa sortu da gizakia planetako gaitz nagusia dela eta suntsitu behar dela. Horrela hasi zen gizateriaren suntsipen sistematikoa, eta Apocalypse Run-eko heroiak hori saihestu nahi du eta roboten aurka borrokatzen lagunduko diozu.