Nindroidov erraldoi armada matxinatu eta planeta konkistatzen hasi zen. Jokoaren heroiak ausarta "Go Ninja: Rise Nindroidov" matxinada gelditzeko saiatzen, eta horretarako etsaiaren oinarria eta lider suntsitu behar dute. Bide luzea egin aurretik, ninja bakoitzean, hau da jokoan jolastu ahal izango dute. Egoera bakoitzari karaktere bat behar du. Aldatu bizia jokoan atari berezi batean pertsonaiak. Hesia hautsi nahi baduzu, bultzatu ninja indartsu aizkora batekin, zatitu pieza guztiak sartu. Era medikuntza kabinete batera biltzea, baizik eta saiatu etsaia uxatzeko.