Près d'un petit village situé au Japon, des morts-vivants sont apparus. Ils errent autour de la colonie la nuit et s'attaquent aux gens. Le brave guerrier ninja Kyoto a reçu l'ordre de l'empereur de détruire les zombies. Vous dans le jeu Ninja Versus Zombie aidera le ninja dans ce domaine. Avant de vous sur l'écran, il y aura une zone dans laquelle votre personnage sera situé. Avec les touches de contrôle vous dirigerez les actions du ninja. Il devra courir en avant sur le terrain et regarder attentivement autour de lui. En cours de route, il pourra collecter des pièces d'or et d'autres objets dispersés dans tout l'endroit. Dès que vous rencontrez un zombie, attaquez-le. En utilisant diverses armes de l'arsenal ninja, vous détruirez des zombies dans le jeu Ninja Versus Zombie et obtiendrez des points pour cela.