Antzina Japoniako enperadoreen zerbitzura ninja zen. Gerlari misteriotsu horiek garai hartan adimen gaitasunik onenak zeuden eta artisau-artista guztiak ziren. Gaur egun, Ninja Run jokoan, etsaien lurraldean infiltratuko den gerra bat lagunduko dizugu. Gure heroia errepidean zehar exekutatu, hau da, hainbat tranpa eta beste arriskuez betetako. Gehienak abiadura gainetik salto egin dezakezu eta exekutatu. Etsaien soldaduak betetzen badituzu, saiatu suntsitu. Era berean, errepidean lurrean etzanda dauden hainbat elementu biltzen ditu. Puntuak eta beste hobari polit batzuk emango dizkizute.