Jojo izeneko izaki txiki dibertigarria basoaren sakonean bizi da. Egun batean, gure heroiak entzun zuen gauez urruneko lekuetan urrezko txanponak agertzen direla. Gure pertsonaiak leku horietara joan eta denak biltzea erabaki zuen. Jojo Run jokoan horretan lagunduko diozu. Zure pertsonaiak ibilbide guztian zehar ibiliko da hanka guztiekin. Bidean, hiltzeko gai diren lurreko porrotak, tranpak eta hainbat izaki topatuko ditu. Arrisku hauetara hurbiltzeko, heroiak salto egin eta hegan egin beharko duzu aire guztian zehar. Txanpon horiek guztiak bildu beharko dituzu bidean.