Kyoto mutil gazte bat ninja gudarien agindu sekretuan sartu zen. Mendira bidali zuten Akademia dagoen tenplu berezi batera, non hasierako gerra guztiak trebatzen diren. Gaur gure heroiak entrenamendu saio bat du eta Ninja Academy jokoan gidatzen lagunduko diozu. Pantailan zure tenpluko patioan dagoen pertsonaia ikusiko duzu. Kontrol teklak dituen panel berezi bat azpian kokatuko da. Bere laguntzarekin, zure heroiaren ekintzak zuzenduko dituzu. Objektuak bere aurrean agertuko dira alde desberdinetatik. Heroia gidatzen duzunean kolpe zehatzak eman beharko dizkiezu esku edo oinen laguntzaz. Zure arrakasta zehatz bakoitzak puntu kopuru jakin bat ekarriko dizu. Kolpeak landu ondoren, hainbat teknika lantzen jarraituko duzu.