Matrix-en hainbat prototipo sortu ziren, eta horietako bat, 09435 zenbakia, arrakastatsuena izan zen. Modu harrigarri batean garatzen hasi zen mutil digital bat da eta laster kanpo mundua arakatu nahi izan zuen. Matrizea uzteko modua aurkitu zuen eta Prototype Guy-era joan zen. Sortzaileek mutila ez oztopatzea erabaki zuten, moldatzen laguntzeko eskatzen dizute, oztopoak gaindituz. Puntu zorrotzen eta robot karratuen gainetik salto egin behar da. Bide batez, robotak suntsitu daitezke haien gainean zuzenean salto eginez. Oztopoa gainditzen ez bada, heroia berriro hasiko da Prototype Guy-n.
