Ninja ibilaldi batetik bueltatu berria zen eta bere jaioterriko monasterioa bisitatzea erabaki zuen, non ikasi zuen eta bere irakasle gogokoena, ezagutza ugari eman zizkion eta bere gorputza eta espiritua kontrolatzen irakatsi zion. Etsita eta frustrazio handian aurkitu zituen fraideak. Bezperan, samurai gorriek monasterioari eraso zioten eta runeekin antzinako harri bilduma bat lapurtu zuten. Mendeetan monasterioan gordetako harri sakratuak dira. Gure heroiak lapurtutako guztia itzuliko zuela zin egin zuen eta berehala abiatu zen bere bidaia. Lagundu Ninja Run-eko heroiari bere eginkizun sakratua betetzen. Ninja korrika egingo du, eta oztopoen gainetik eta etsaien gainetik salto egiten lagunduko diozu denboran, harriak biltzen.