Hegaztien migrazioa hegaztiek eskualde beroagoetara egiten duten urteko migrazioa da. Behin udazkena iristean, hegazti espezie asko hegoaldera joaten dira negu hotzari bizirauteko. Ahateak horietako bat dira, eta jokoan ahate bati hegaldi zaila gainditzen lagunduko diozu. Baina lehenik eta behin, jokoan aurkezten diren heroietatik pertsonaia bat aukeratu behar duzu: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen eta Dax. Horietako edozeinek zure kontrola beteko du. Migration Flappy Duck-en argumentua zure txoria artaldearen atzean geratu dela da. Bere senide guztiak hegan egin zutenean, bere hegala kaltetuta zegoen, baina orain sendatu egin da eta saiatu zaitezke artaldea harrapatzen eta elkarrekin hegan egiten. Baina lehenik oztopo asko gainditu eta hegoak indarrez astindu beharko dituzu Migration Flappy Duck-en eten gabe.