Japoniako mafiari Yakuza deitzen zaio eta bere arauen arabera legez kanpo diharduen erakunde kriminal oso larria da. Zerbait behar badu, hartzen du, bidean gelditzen direnen bizitza eta beharrak kontuan hartu gabe. Samurai vs Yakuzak bere herria salbatu nahi duen samurai bat aurkezten dizu. Bidelapurrei gustatu zitzaien bere lurraldean dagoen antzinako tenpluagatik. Tenplu honetan hainbat irudi baliotsu daude, yakuzaren buruak bereganatu nahi zituenak. Gure heroiak mafia-armada oso baten oztopo egin zuen eta, zure laguntzarekin, Samurai vs Yakuza-n jantzi beltzez egindako lapurren erasoa baztertuko du.