Gudari ninja batek babestutako finka batean sartu eta bere jabeari dokumentu sekretuak lapurtu behar dizkio. Shadow of the Ninja online joko zirraragarri berrian zure pertsonaiari lagunduko diozu abentura honetan. Zure heroia, ezpata batekin armatuta eta izar botatzen dituena, aurrera egingo du kokapenaren inguruan. Ninjari tranpak saihesten eta hainbat oztopo gainditzen lagundu beharko diozu. Bidean, ninja guduan parte hartu beharko duten zaindariak ezagutuko ditu. Izarrak botaz eta ezpatarekin kolpatuz, aurkari guztiak suntsitu beharko dituzu. Hori eginez gero, Shadow of the Ninja jokoan puntuak jasoko dituzu hiltzen duzun etsai bakoitzeko.
