Ninja-k denbora luzez ikasi zuen eta azkenean Dark Ninja Hanjo-n bere ezagutzak eta trebetasunak erabiltzeko garaia iritsi da. Senseik bizitza independente bat hasteko prest zegoela jakinarazi zion bere ikasleari, baina, aldi berean, ikasle ohiari hiria berreskuratzeko misio oso garrantzitsua betetzeko eskatu zioten. Misioak heroia nola prestatuta dagoen erakutsiko du. Hiria iluntasunak kontsumitzen du, askatzeko, deabruekin edo jabedun gerlariekin borrokatu beharko duzu. Ninja zertarako gai den erakusteko gai izango da. Jaso irakaslearen argibideak hasierako fasean, bere ikaslearekin batera joango da, baina gero zure kabuz jardun behar duzu Dark Ninja Hanjo-n.
