Une armée de monstres envahit le royaume des petits elfes des bois. Dans Fruit Legions: Monsters Siege, vous dirigerez la défense du royaume. Avec l'aide d'une boîte à outils spéciale, vous devrez faire pousser des fleurs militaires spéciales. Après cela, vous devrez examiner la route sur laquelle se déplace l'armée de monstres. Le long de celui-ci, dans des endroits stratégiquement importants, vous devrez placer ces fleurs. Dès que les monstres apparaîtront, vos fleurs s'activeront et commenceront à leur tirer dessus. En détruisant des monstres, vous recevrez des points. Après en avoir accumulé une certaine quantité, vous pouvez faire pousser de nouvelles fleurs plus puissantes.