Dans la ville de Zveropolis, une épidémie fait rage, transportée par des gouttelettes aéroportées. Le lapin Judith a également pris l'infection et maintenant sa gorge est très douloureuse. Ayant été malade pendant plusieurs jours et constatant qu'elle ne va pas aller mieux, elle a décidé d'aller à l'hôpital. Vous dans le jeu Judy's Throat Doctor sera son médecin traitant. La première chose que vous devez faire est d'examiner la gorge de Judith et de la diagnostiquer. Ensuite, en utilisant divers dispositifs médicaux et médicaments, vous commencerez le traitement. Pour faciliter ce processus, il y a un indice dans le jeu qui vous dira l'ordre et la séquence de vos actions.