Un courageux guerrier ninja est entré dans un ancien donjon. Notre héros devra l'explorer et collecter toutes les pièces magiques d'or. Vous dans le jeu Ninja Auto Run l'aiderez dans cette aventure. Devant vous sur l'écran vous verrez une des salles du donjon. Votre héros courra dessus à une certaine vitesse. Sur son chemin, des pointes sortant du sol, des obstacles de différentes hauteurs et autres pièges apparaîtront. Lorsque votre héros se heurtera à ces dangers, vous devrez les faire sauter. De cette façon, votre ninja volera à travers tous ces dangers. Sur le chemin, aidez le personnage à collecter des pièces d'or pour lesquelles vous recevrez des points dans le jeu Ninja Auto Run.
