Un voyou pirate nommé Karl était célèbre pour sa cruauté et sa ruse dans toute la Méditerranée, il semblait que personne ne pouvait le déjouer. Même son équipage voulait depuis longtemps le jeter du pont du capitaine, mais ils n’y parvenaient toujours pas. Karl a réprimé les émeutes à temps et a sévèrement puni les rebelles. Cependant, tout a une fin et dans Pirate Cutthroat Carl Escape, le pirate se retrouve piégé. Ils ont quand même réussi à le tromper et à l'enfermer dans une cabane sur une île déserte. Le navire et son équipage s'éloignèrent rapidement dans une direction inconnue, et l'ancien capitaine resta seul. Il devra tout recommencer, mais il doit d'abord sortir de la cabane dans Pirate Cutthroat Carl Escape.
