Certains enfants souffrent assez souvent de diverses maladies oculaires. Par conséquent, les parents les emmènent à l'hôpital pour voir un médecin. Dans le jeu Funny Eye Surgery, vous serez le médecin qui les soignera. En choisissant un patient, vous vous retrouverez dans votre bureau. Tout d'abord, vous devrez examiner les yeux du patient et diagnostiquer la maladie. Après cela, en utilisant des outils médicaux spéciaux et des médicaments. En les appliquant constamment, vous soignerez le patient.