Le courageux ninja Kyoto doit entrer dans le château protégé et y voler un artefact, qui à un moment vola leur temple de son ordre. Vous dans le jeu Jump Ninja Hero rejoindra ses aventures. Pour arriver au château, notre héros doit traverser une certaine zone, gardée par des soldats ennemis. Par notre héros tirera constamment des arcs, des arbalètes et d'autres armes. Vous conduisez notre héros devra esquiver tous les objets volants en elle. Seulement de cette façon, il peut survivre et atteindre le point final de son voyage.
