De célèbres tortues ninja passent chaque jour à s'entraîner à perfectionner leurs compétences en combat au corps à corps, en agilité et en réaction. Aujourd'hui, dans Extreme Skate 5000, vous participerez à l'une de leurs sessions d'entraînement. Avant de vous sur l'écran, vous verrez un tunnel d'égout, qui va quelque part au loin. L'une des tortues debout sur une planche à roulettes se précipitera le long de celle-ci, prenant de la vitesse. Il prendra progressivement de la vitesse. Vous devrez regarder de près la route. Différents obstacles apparaîtront à l'écran devant vous. Certains d'entre eux devront faire le tour à grande vitesse, tandis que d'autres sauteront par-dessus. Votre héros effectuera ces actions lorsque vous appuierez sur les touches de contrôle correspondantes. En chemin, vous rencontrerez également divers objets utiles que vous devrez collecter.