Dans un monde lointain où la magie existe, il y a une guerre entre deux pays. Des dragons intelligents y participent des deux côtés. Aujourd'hui, dans le jeu Bakugan Armored Alliance, vous participerez à cette confrontation et contrôlerez l'un des dragons. Votre héros devra survoler une certaine zone et détruire tous les objets militaires rencontrés sur le chemin. Avant de vous sur l'écran, vous verrez votre personnage que vous contrôlerez à l'aide de flèches. Dès que vous remarquez une cible au sol, survolez-la et expirez la flamme. Vous serez attaqué par divers avions et autres dragons. Vous devrez manœuvrer dans les airs pour esquiver leurs attaques et abattre toutes ces cibles volantes.