Le royaume ninja est à nouveau agité : un mal ancien s'est réveillé dans les donjons et son influence s'est étendue aux habitants du royaume. Les récoltes sèchent, les gens et les animaux tombent malades, ce qui réduit le trésor. Dans le jeu Kingdom of Ninja 2, le roi ninja se rendra à nouveau dans les temples souterrains pour les débarrasser des créatures du mal. De plus, chaque apparition de créatures d'un autre monde s'accompagne également du mouvement de coffres contenant de l'or dans les labyrinthes. C’est un phénomène étrange, mais il a été observé qu’une fois tous les trésors disparus, les monstres se dissolvent. C'est une coïncidence très heureuse, car le roi pourra ainsi reconstituer le trésor et subvenir aux besoins des habitants de son État. Vous irez sous terre avec lui et l'aiderez à passer tous les tests. De nombreux pièges l'attendent, qui apparaîtront du poly et du plafond. Certains se déplaceront dans les couloirs et vous devrez manœuvrer adroitement pour éviter d'entrer en collision avec eux. Après avoir rencontré des monstres, n'essayez pas de les engager dans la bataille, puisque votre héros n'est pas armé, il est préférable pour vous de vous faufiler inaperçu ou simplement de sauter par-dessus et de continuer votre chemin dans le jeu Kingdom of Ninja 2. Collectez chaque pièce et le donjon sera à nouveau en sécurité.
