Après la troisième guerre mondiale, de nombreuses villes sont en ruines. Les survivants se sont unis en groupes et luttent maintenant pour leur survie. Dans le jeu The Last Squad, vous dirigerez une escouade de soldats partis à la recherche de nourriture et de médicaments. Devant vous sur l'écran, vous verrez les soldats de votre escouade, qui seront situés dans l'un des pâtés de maisons. À l'aide d'un panneau de contrôle spécial, vous dirigerez les actions de chaque soldat. Vous devrez les faire avancer. Dès que vous trouvez l'ennemi, engagez-le dans la bataille. En utilisant diverses armes légères, grenades et explosifs, vous devrez détruire l'ennemi et obtenir des points pour lui.