Pendant un certain temps, le royaume ninja a vécu calmement et s'est développé, de nouvelles villes ont été construites, la population a augmenté, puis des signaux alarmants ont commencé à arriver de la périphérie. Les gens ont recommencé à remarquer l'influence des forces obscures des anciens donjons. Le roi ninja carré doit donc redescendre dans les catacombes et les nettoyer dans le jeu Kingdom of Ninja 4. Vous et lui vous retrouverez à l'entrée du labyrinthe et l'aiderez à passer les niveaux les uns après les autres. Vous devez passer du drapeau rouge à la porte, mais pour ce faire, vous devrez faire preuve d'un maximum de dextérité, car il y a de nombreux pièges devant vous. Ce seront des scies rotatives, des pointes acérées, des canons qui tirent des boulets de canon depuis les murs et bien d'autres. Vous devez manœuvrer adroitement entre eux, sauter par-dessus et vous déplacer vers le but. Des monstres viendront vers vous, mais n'essayez pas de les tuer, puisque votre héros n'est pas armé, il vaut mieux simplement les contourner dans le jeu Kingdom of Ninja 4 - ils ne vous poursuivront pas. Collectez des cristaux précieux, des pièces d'or et ouvrez des coffres au trésor. Une fois que vous aurez atteint le dernier niveau et récupéré tous les objets de valeur, les monstres laissés sur place s'évaporeront et ne poseront plus de problèmes aux habitants du royaume.
