Une guerre a commencé entre les clans ninja soutenant différents camps dans la lutte entre les forces de la Lumière et des Ténèbres. Dans le jeu Ninja Legend, vous aiderez votre héros à combattre les ninjas noirs qui ont attaqué le monastère, où ils préparent les guerriers des forces de la lumière. Devant vous sur l'écran vous verrez votre personnage armé d'un bouclier et d'une lance. Les lanciers de l'ennemi se déplaceront dans sa direction. Vous, contrôlant votre héros, devrez calculer la trajectoire du lancer et lancer une lance sur l'ennemi. Si votre objectif est précis, la lance frappera l'ennemi et le détruira. Des lances seront également lancées sur votre héros. Vous devrez utiliser votre bouclier pour les combattre. De plus, votre héros peut utiliser diverses capacités magiques pour protéger ou attaquer les ennemis.