Le courageux ninja d'aujourd'hui doit pénétrer dans le camp de l'ennemi et détruire son chef. Vous dans le jeu Ninja Hands l'aiderez dans cette bataille. Devant vous sur l'écran, vous verrez la route le long de laquelle votre héros se déplacera. Sur son chemin, il y aura divers pièges et obstacles qu'il devra surmonter sous votre direction. Dès que vous remarquez l'ennemi, choisissez une arme à l'aide d'un panneau spécial sur lequel se trouveront des icônes. En choisissant, par exemple, une épée, vous vous retrouverez en duel avec l'ennemi. En frappant, vous devrez détruire les ennemis. Pour cela, vous recevrez des points dans le jeu Ninja Hands et vous pourrez récupérer des trophées tombés de l'ennemi.