Dans le Japon antique, il y avait des temples spéciaux dans lesquels ils préparaient des guerres telles que les ninja. Dans le jeu Ninja Runs 3d, allez voir l'un d'eux et aidez un ninja à suivre différents types de formation. Aujourd'hui, votre héros devra parcourir un parcours d'obstacles spécialement construit avec d'autres ninjas et arriver en premier à la ligne d'arrivée. Vous gérerez ses actions. Vous devez sauter par-dessus de nombreux obstacles, escalader divers obstacles et effectuer de nombreuses autres actions qui aideront votre ninja à gagner le concours.
