Dans le nouveau jeu Ninja vs Ninja, vous irez dans le monde où vivent les gens de la boîte. Il y a une guerre entre les deux ordres des ninjas et vous rejoindrez l'un d'eux. Votre personnage est un boxeur rouge. Il sera dans la pièce où son adversaire est bleu. Entre eux se trouveront divers obstacles et pièges. Vous devrez guider votre personnage à travers tous ces dangers et attaquer votre adversaire. En utilisant diverses armes de lancement, vous détruisez l'ennemi et obtenez des points pour lui.