Dans la deuxième partie du jeu Virus Ninja 2, vous aiderez un brave guerrier ninja à combattre divers virus. Avant de vous sur l'écran, il y aura un terrain de jeu sur lequel diverses bactéries apparaîtront. Ils se déplaceront dans différentes directions et à différentes vitesses. Pour les détruire, vous devrez utiliser une épée. Regardez attentivement l'écran et conduisez des objets avec la souris. Ainsi, vous frapperez les bactéries et les couperez en morceaux. Parfois, des bombes peuvent apparaître parmi ces objets. Vous ne devez pas les balancer.