Jusqu'à présent, Mario n'avait affaire qu'aux méchants champignons, escargots et autres sbires de son éternel ennemi Bowser. Mais ce ne sont que des fleurs par rapport à ce qui l'attend dans Super Mario Commander. Une attaque insidieuse depuis l'espace a été lancée de manière inattendue sur le monde de Mario. Des créatures terribles et vicieuses, armées jusqu'aux dents, ont fait des ravages dans le royaume autrefois paisible. Mario devra prendre une arme sérieuse et jouer le rôle d'un super héros. Et pour qu'il réussisse, aidez le plombier à maîtriser un nouveau rôle pour lui-même. Il est nécessaire de nettoyer les plates-formes des pirates de l'espace et de ramener le monde sur terre dans Super Mario Commander.
