Dans une guerre, l'ennemi essaie principalement de détruire des installations militaires : aérodromes, unités militaires, dépôts de munitions. Dans Atomic Fighter 2D, vous prendrez le contrôle d'un avion de chasse pour protéger le ciel au-dessus d'une base militaire. Un escadron d'avions d'attaque et de bombardiers ennemis s'en approche déjà. Votre tâche est de maintenir la défense et d'attaquer activement l'ennemi sur tout le front. Déplacez le combattant vers la gauche ou vers la droite, en vous éloignant du bombardement vers les avions ennemis volants et attaquez et tirez-vous, détruisant les avions un par un. Collectez divers bonus à la volée, ils vous aideront à faire face à un grand nombre d'ennemis en progression dans Atomic Fighter 2D.