Un brave samouraï nommé Jack est membre d'un ordre secret qui protège la paix de notre monde contre divers monstres d'univers parallèles. Un jour, plusieurs monstres ont réussi à percer des portails temporels dans notre monde. Maintenant, notre héros devra voyager avec l'aide d'une amulette spéciale en fonction de ces moments. Là, il devra trouver les monstres et les détruire. Vous dans le jeu Samurai Jack: The Amulet Of Time aidera les samouraïs dans ces batailles. Devant vous, votre personnage sera visible sur l'écran, qui sera situé dans une certaine zone. En face de lui, vous verrez un monstre. A l'aide des touches de contrôle, vous devrez forcer votre héros à attaquer l'ennemi. En frappant avec une épée, vous détruisez l'ennemi et obtenez des points pour lui.