Dans la troisième partie du jeu Sonic Advance 3, vous continuerez à aider le brave Sonic et ses amis à lutter contre le fou Dr. Evil. Le fou veut construire une ville entière dans laquelle il fera pousser des monstres. Pour ce faire, il aura besoin des pierres du Chaos. Sonic doit d'abord les trouver. Devant vous sur l'écran sera visible votre personnage et son compagnon. À l'aide des touches de contrôle, vous contrôlerez les actions des deux héros à la fois. Vous devrez les faire se déplacer autour de l'emplacement et tout inspecter soigneusement. Cherchez des pierres et des objets éparpillés un peu partout et ramassez-les. Sur votre chemin vous rencontrerez des obstacles et des pièges que vos héros devront franchir. S'ils rencontrent des monstres, alors les personnages pourront les contourner ou les détruire en rejoignant la bataille. Pour tuer des adversaires, vous recevrez des points dans Sonic Advance 3.
