Au plus profond de la jungle vit un gorille nommé Donkey qui aide toujours ses amis. Une fois notre personnage a décidé d'aller rendre visite à ses parents éloignés qui vivent de l'autre côté de la jungle. Vous dans le jeu Super Donkey Kong 99 devrez aider le héros dans cette aventure. Votre personnage sera visible sur l'écran devant vous, qui, sous votre direction, avancera le long du chemin, prenant progressivement de la vitesse. En chemin, votre personnage devra ramasser des bananes et des pièces d'or éparpillées un peu partout. Il devra également surmonter divers pièges et obstacles qui se présenteront sur son chemin.
