Il semblerait que pour Batman, les chauves-souris auraient dû devenir des amies, ou du moins des aides, mais ce ne sera pas le cas dans Batman cool. Les souris qui attaqueront le héros ont été exposées à des radiations nocives, qui ont corrigé leur petit cerveau et transformé leurs amis en ennemis jurés. Le super héros a essayé de réparer les souris, mais a échoué. Il a installé un cristal spécial qui émettait des ondes, mais elles ne fonctionnaient pas. Et si c'est le cas, le même cristal peut détruire les rongeurs aigris. Votre tâche dans Batman cool est de diriger des tirs sur des cibles, en détruisant les souris sur le chemin.