Un liquide multicolore est versé dans des tubes à essai, tandis que dans certains récipients, le liquide est disposé en couches de trois types ou même plus. Votre tâche dans le jeu Water Color Sort est de séparer toutes les couches et de les verser dans des flacons séparés afin que chacun soit rempli jusqu'en haut avec une couleur. Dès que la flasque sera pleine, vous verrez apparaître un petit feu d'artifice joyeux et un bip pour marquer votre victoire intermédiaire. Avec chaque nouveau niveau, le nombre de tubes à essai en verre augmentera et la variété de couleurs dans les liquides augmentera également. Cela signifie que les tâches deviendront plus difficiles dans Water Color Sort.