Les enquêtes mystiques conduisent invariablement à des affrontements avec des forces d'un autre monde et le plus souvent ce sont des fantômes maléfiques. Shaggy et Scooby n'ont jamais été connus pour leur courage et ont le plus souvent préféré fuir lorsqu'ils sentaient le danger. Cette fois dans le jeu Scooby Shaggy Run, les copains n'ont pas changé leur habitude. Le couple va se précipiter dans les couloirs du château, poursuivi par un immense fantôme vert. Le château est vieux, divers objets gisent sur le sol, à travers lesquels vous devez avoir le temps de sauter par-dessus, sinon le fantôme le rattrapera, il marche déjà littéralement sur les talons des héros. Soyez attentif et réagissez rapidement au prochain obstacle afin de donner l'ordre de sauter dans Scooby Shaggy Run.