Plusieurs prototypes ont été créés dans Matrix, et l'un d'eux, le numéro 09435, s'est avéré être le plus réussi. C'est un garçon numérique qui a commencé à se développer d'une manière étonnante rapidement et bientôt il a voulu explorer le monde extérieur. Il a trouvé un moyen de quitter la matrice et s'est dirigé vers Prototype Guy. Les créateurs ont décidé de ne pas interférer avec le gars, ils vous demandent de l'aider à s'adapter, à surmonter les obstacles. Il est nécessaire de sauter par-dessus des pointes pointues et des robots carrés. Au fait, les robots peuvent être détruits si vous sautez directement dessus. Si l'obstacle n'est pas surmonté, le héros recommencera dans Prototype Guy.
