Le jeune samouraï s'est vu confier une tâche importante et il souhaite l'accomplir le plus rapidement et le mieux possible afin de faire ses preuves et de montrer qu'il vaut quelque chose. Vous ne connaîtrez pas le but de sa mission, elle est classée, mais dans Samurai Run, cela dépend de vous si le héros atteindra son objectif. Pour être dans le temps, le héros courra tout le temps, sans regarder ses pieds. Il est de votre devoir de l'empêcher de tomber dans un trou ou d'exploser sur une bombe, qui se trouvera souvent sur les plates-formes. Le héros peut non seulement courir vite, mais aussi sauter haut et même s'envoler un peu, grâce à sa cape, en l'utilisant comme parachute. Lors de l'atterrissage, assurez-vous que la zone est exempte de bombes et autres objets dangereux dans Samurai Run.