La mer n'est pas à prendre à la légère et même les marins expérimentés peuvent se retrouver dans des situations difficiles. Le capitaine Paul emmène des touristes sur son bateau de croisière depuis longtemps. Dans Lighthouse Mystery, le navire a été pris dans une grave tempête et le capitaine a décidé de s'amarrer sur l'île la plus proche pour attendre la fin de la tempête. L'île s'est avérée déserte, à l'exception d'un phare solitaire situé sur une colline. Les touristes ont peur, il faut les calmer, et le capitaine et son assistant vont essayer de le faire. Ils ont besoin d'aider et pour ce faire, vous devez participer au jeu Lighthouse Mystery et explorer l'île, ainsi que le phare. Il semble suspect.
