Un gars doté des super pouvoirs de Spider-Man est allé servir dans le renseignement étranger et est devenu un agent spécial comme James Bond. Mais il n’a pas besoin d’arme ; il fait face à ses ennemis. Ce qui libère une toile de l'arc et enchevêtre l'ennemi avec, l'immobilisant complètement. Dans Mutant Assassin 3D, vous aiderez le héros à accomplir des missions en éliminant les agents ennemis indésirables. Le mécanisme de destruction est simple : vous dirigez le cercle vert vers le prochain méchant rouge et libérez la toile. Il s'enroule autour du corps et l'ennemi est vaincu. De la même manière, vous devez collecter des tas d'argent, ils doivent être collectés afin de terminer le niveau dans Mutant Assassin 3D.