La mafia au Japon s'appelle les Yakuza et est une organisation criminelle très sérieuse qui opère en dehors de la loi selon ses propres règles. Si elle a besoin de quelque chose, elle le prend, quels que soient la vie et les besoins de ceux qui se mettent en travers de son chemin. Samurai vs Yakuza vous présente un samouraï qui veut sauver son village. Les bandits l'aimaient à cause de l'ancien temple situé sur son territoire. Dans ce temple se trouvent plusieurs figurines précieuses que le chef des Yakuza voulait posséder. Notre héros a fait obstacle à toute une armée mafieuse et, avec votre aide, repoussera l'attaque des voleurs en robe noire dans Samurai vs Yakuza.