La force d'atterrissage spatial de Doom 2D a été envoyée sur Mars, où se trouve un complexe appartenant à United Space Corporation. Des recherches secrètes sur l’Enfer y ont eu lieu. Le laboratoire a été construit sur un portail qui avait été découvert une fois et les scientifiques ont commencé à l'étudier ainsi que la possibilité de l'utiliser au profit de l'humanité. Finalement, tout ne s’est pas du tout passé comme prévu. Des démons sont sortis du portail et ont attaqué les colons. Le parachutiste doit récupérer des fichiers de recherche secrets sur des disques durs et sauver ceux qui restent en vie. Aidez-le, il devra se déplacer dans les locaux en combattant des créatures démoniaques dans Doom 2D.
